Jak pogodzić religię i naukę? Jaka relacja zachodzi między wiarą religijną a przekonaniami naukowymi? Nie zna tego problemu starożytność, jest on obcy tradycji kultur Wschodu – Indii czy Chin. Wszędzie pojawia się głębsza refleksja filozoficzna nad naturą Wszechrzeczy, która nie jest konkurencyjna wobec tradycyjnych wierzeń animistycznych, ale stanowi raczej próbę ich mentalnego zwieńczenia, swoistej „racjonalistycznej” legitymizacji. W nurt tych poszukiwań prawdy o boskim Absolucie włączają się też dociekania, które nazwalibyśmy dziś „naukowymi”. Przykładem może tu być mistyczna wspólnota Pitagorasa. Jej celem miało być osiągnięcie szczęścia i zbawienia poprzez uzyskanie jedni z boskim Absolutem. Drogą do tego prowadzącą była nauka. Pitagorejczycy dokonali wielu istotnych dla dalszego rozwoju wiedzy odkryć, zwłaszcza w dziedzinie matematyki i astronomii. Sformułowali m. in. heliocentryczną teorię ruchu Ziemi wokół Słońca. Odkrycia te miały jednak utwierdzać boski, mistyczny charakter kosmosu i rządzących nim praw, a nie temu zaprzeczać.
Rozdźwięk między religią a nauką w cywilizacji chrześcijańskiej zaczyna się pojawiać w I tysiącleciu nowej ery, staje się prawdziwym problemem w II, by w ostatnich dekadach XIX w. doprowadzić do całkowitej demarkacji i konfrontacji tych całkiem już różnych światopoglądów.
Teoretyczną konceptualizację tego procesu może nam w znacznym stopniu ułatwić teoria systemów społecznych Niklasa Luhmanna. Jego zdaniem, społeczeństwo współczesne jest konfiguracją różnych „systemów społecznych” zorientowanych wokół odrębnych aksjologii i związanych z nimi działaniami. Poszczególne, tak pojęte systemy charakteryzuje autopojetyczność, zdolność do samoreprodukcji i samouzasadnienia. Nie mogą one mieć również wobec siebie roszczeń ważnościowych. Każdy z nich ma własny, odrębny sposób uzasadnień i własną legitymizację metodologicznej poprawności. Uzasadnienie czerpią z własnych źródeł, a nie z racji przynależnych do odrębnych systemów. Takimi systemami miałyby być, zdaniem Luhmanna, między innymi religia i nauka, jak też ekonomia, sztuka, prawo itp.
Proces ich formowania się był długi i żmudny, pełen momentów dramatycznych. Trwał w zasadzie przez całe I tysiąclecie chrześcijaństwa. Poszczególne systemy z trudem wyzwalały się z dominacji Kościoła, uzyskując swoją autopojetyczność. Dotyczyć to miało także nauki.
Charakterystyczny dla XIX w. stan „konfrontacji” między wiarą a nauką jest dziełem dwóch geniuszy: św. Tomasza z Akwinu i Isaaca Newtona. Dzielą ich od siebie prawie cztery stulecia (św. Tomasz XIII w., Newton XVII w.), mimo to są wobec siebie komplementarni, w pewnym sensie – na siebie skazani. Św. Tomasz stworzył wielką doktrynę filozoficzną zwaną od jego imienia, tomizmem, Isaac Newton odkrył zasady mechaniki, dając tym samym podwaliny pod spójny system fizyczny świata, który w XIX w. stał się ostoją światopoglądu materialistycznego i w istocie antyreligijnego. Konflikt między tymi dwoma obrazami świata ukaże się w całej swej wyrazistości, jeśli uświadomimy sobie, iż oba tak określone systemy operują tym samym w zasadzie „materiałem dowodowym”, oba wyprowadzają swe wnioski światopoglądowe z analizy „bytu stworzonego”, czyli danego naszemu doświadczeniu fizycznego świata.