W ostatnich latach pogląd ten został jednak podany w wątpliwość, a uznanie zyskuje nowa perspektywa ukazująca Kościół pierwszych wieków i naród żydowski jako w dużym stopniu splecione ze sobą na wielu płaszczyznach jeszcze przez kilka stuleci po śmierci Jezusa. Pogląd ten zyskuje dziś coraz większe poparcie wśród badaczy tak chrześcijańskich, jak i żydowskich.
Jednym z pierwszych uczonych, którzy zapoczątkowali zmianę w rozumieniu więzi łączących pierwotnie Kościół i judaizm, był Robin Scroggs. To, co pisał w 1986 r., było zwiastunem nurtu badań dziś określanego często jako badania nad „rozejściem się dróg” dwóch religii. Scroggs kreśli cztery główne wyznaczniki takiej analizy. Po pierwsze, ruch stworzony przez Jezusa, który rozwinął się w Palestynie po Jego śmierci, można najlepiej opisać jako ruch reformatorski w obrębie ówczesnego judaizmu. Prawie nie mamy dowodów na poparcie tezy, że chrześcijanie posiadali wtedy odrębną od Żydów tożsamość. Po drugie, ruch misyjny św. Pawła był w jego rozumieniu misją żydowską skierowaną do pogan – odpowiedniego adresata działań, które Bóg powierzył swojemu ludowi. Po trzecie, przed końcem wojny żydowsko-rzymskiej, czyli przed rokiem 70 n.e., nie istniało nic, co zwano by chrześcijaństwem. Uczniowie Jezusa nie określali siebie jako wyznawców religii, która miałaby być jakąkolwiek opozycją dla judaizmu. Tożsamość chrześcijańska zaczęła się kształtować dopiero po zakończeniu tej wojny i – po czwarte – wszystkie późniejsze fragmenty Nowego Testamentu wszystkie noszą znamiona dążenia do separacji, choć jednocześnie zachowują także łączność ze swoim żydowskim źródłem.
Wielu badaczy postanowiło pójść ścieżką wytyczoną przez Scroggsa. Biblista John Meier w trzecim tomie swojego wyczerpującego opracowania nowotestamentowego rozumienia postaci Jezusa przekonuje, że uważna analiza ksiąg Nowego Testamentu prowadzi do wniosku, iż Jezus przedstawiał siebie wspólnocie żydowskiej jako proroka mówiącego o czasach ostatecznych i cudotwórce działającego na podobieństwo Eliasza. Nie był jednak zainteresowany tworzeniem separatystycznej sekty ani „świętej reszty Izraela”, do czego dążyła np. wspólnota z Qumran. Jezus snuł raczej wizję stworzenia wspólnoty religijnej wewnątrz Izraela. Nie znajdziemy w nauczaniu ani w działalności Jezusa dowodów na to, że chciał On, by owa wspólnota przeszła proces oddzielenia się od Izraela na drodze misji wśród pogan, podczas której sama wspólnota w wielu aspektach upodobniła się do nauczanych narodów.
Później David Frankfurter dalej rozwinął tezę o istotnym powiązaniu chrześcijaństwa i judaizmu po śmierci Jezusa. Podkreślał, że między rożnymi grupami, wśród których byli też chrześcijanie i Żydzi, zachodziły „wzajemne wpływy utrzymujące się do późnej starożytności [i istniały] dowody na to, że grupy te nakładały się na siebie, co biorąc pod uwagę wszystkie okoliczności, osłabia tezę o istnieniu historycznie odrębnego chrześcijaństwa przed połową II w.”
