Tysiące dzieci i młodzieży pozbawiono prawa do nauki. Polacy mieli być bowiem jedynie siłą roboczą. Nauczyciele, których ominęły represje ze strony okupanta, przy wsparciu rodziców i zaangażowaniu uczniów, samorzutnie rozpoczęli pracę konspiracyjną, dla niepoznaki oficjalnie zatrudniając się w innych zawodach. Tam, gdzie prześladowania dotknęły nauczycieli w sposób szczególny, pomagały osoby innych profesji: prawnicy, inżynierowie, duchowni, studenci, uczniowie starszych klas. Młode pokolenie podchodziło do nauki w sposób poważny i traktowało ją jako patriotyczny obowiązek. Zasięg owego tajnego nauczania był fenomenem na skalę europejską.
Na terytorium Polski włączonym do III Rzeszy Niemcy zlikwidowali wszystkie polskie szkoły, nawet powszechne. W związku ze szczególnie restrykcyjnymi działaniami administracji hitlerowskiej powstała tu specyficzna odmiana edukacji konspiracyjnej oparta na sieci jedno-, kilku- albo kilkunastoosobowych „klas”. Lekcje odbywały się przeważnie dwa, trzy razy w tygodniu w mieszkaniach uczniów bądź nauczycieli. W wypadku dekonspiracji groziły wywózki na przymusowe roboty, do obozów koncentracyjnych, a nawet egzekucje. Dość powszechną formą było też nauczanie domowe prowadzone przez starszych członków rodziny. W celach germanizacyjnych, pod koniec okupacji, niektóre polskie dzieci chodziły do nielicznych przeznaczonych dla nich szkół niemieckich.
Nieco lepiej przedstawiała się sytuacja w Generalnej Guberni, gdzie okupant pozostawił szkoły powszechne i zawodowe z okrojonym programem edukacji i zakazem uczenia polskiej literatury, historii i geografii, likwidując jednocześnie szkoły średnie i wyższe. W październiku roku 1939 w Warszawie, z inicjatywy działającego w podziemiu Zarządu Głównego Związku Nauczycielstwa Polskiego, powołana została Tajna Organizacja Nauczycielska (TON). Jej założycielami byli: Czesław Wycech, Zygmunt Nowicki, Kazimierz Maj, Wacław Tułodziecki i Teofil Wojeński.
TON ściśle współpracowała z powstałym w 1940 roku Departamentem Oświaty i Kultury Delegatury Rządu RP na Kraj – korzystając z subwencji Rządu Londyńskiego – oraz ze Związkiem Walki Zbrojnej, a następnie z Komendą Główną Armii Krajowej. Głównym zadaniem TON była koordynacja nauczania w warunkach konspiracyjnych, a także opieka nad nauczycielami przesiedlonymi z terenów polskich włączonych do Rzeszy i nad rodzinami nauczycieli poległych i zaginionych podczas kampanii wrześniowej, zamordowanych i aresztowanych przez Niemców w okresie późniejszym bądź walczących w Polskich Siłach Zbrojnych na Zachodzie. TON starała się również o zapewnienie bezpieczeństwa nauczycielom poszukiwanym przez władze okupacyjne.
Początkowo Tajna Organizacja Nauczycielska objęła swą pieczą szkolnictwo powszechne i gimnazjalne, by w następnej kolejności rozpocząć nauczanie na poziomie szkoły średniej, a w takich ośrodkach jak Warszawa czy Kraków (po roku 1941 także Lwów i Wilno) profesorowie wyższych uczelni – korzystając z powstawania nowych wyspecjalizowanych szkół zawodowych otwieranych za zgodą niemieckich władz szkolnych z uwagi na rosnące zapotrzebowanie na lepiej wykwalifikowaną siłę roboczą – organizowali tajne nauczanie na poziomie uniwersyteckim. Mogło się ono odbywać w pomieszczeniach należących do tych szkół i z wykorzystywaniem znajdujących się w nich pomocy naukowych (przykładowo: w szkołach mechanicznych kształcono uczniów w zakresie pierwszych lat studiów politechnicznych, w szkołach kształcących niższy personel medyczny – w zakresie medycyny).
