Bo w Czechach katolicyzm – i w ogóle: chrześcijaństwo – pozostaje w zdecydowanej mniejszości. W ciągu dziesięciu lat wolności (w latach 1991–2001) liczba katolików zmalała o 1,2 mln, choć wcześniej – przed rokiem 1989 – Kościół i ludzie wierzący byli poddawani represjom władz komunistycznych. Dziś swą więź z katolicyzmem deklaruje 2,8 mln osób (ok. 30%; przed wojną – 80%), ale jedynie 4% uczestniczy w niedzielnej Mszy świętej, zaś socjologowie religii mówią, że w Czechach mamy do czynienia z religijnym analfabetyzmem (aż 59% mieszkańców to osoby „bezwyznaniowe”).
W tym kontekście, jeszcze na pokładzie samolotu lecącego do Pragi, papież Benedykt powiedział, że czeski Kościół musi być „twórczą mniejszością, zdolną wpływać na przyszłość na drodze dialogu z agnostykami”. I sam ten dialog konsekwentnie podejmował. Na przykład w czasie spotkania z przedstawicielami świata polityki i życia społecznego, gdzie mówił o wartościach: „Prawda jest normą przewodnią wolności, a dobroć jest doskonałością wolności” (jak zauważyli komentatorzy, w trakcie tego przemówienia Biskup Rzymu ani razu nie odwołał się do Biblii, a jedyny cytat pochodził z Etyki nikomachejskiej). Albo wtedy, kiedy przemawiał do ludzi nauki.
Oba te wystąpienia przypominały mowę świętego Pawła na ateńskim Areopagu. Papież, mówiąc (do polityków) o wartościach i cnotach społecznych, odkrywał ich chrześcijańskie korzenie. Zwracał się przy tym już nie tylko do Czechów: „Czyż nie tego właśnie ducha [ducha przebaczenia, pojednania i współpracy, którego fundamentem jest chrześcijaństwo – przyp. J.P] potrzebuje dzisiejsza Europa?”. Zaś kierując swoje słowa do ludzi nauki, podkreślał rolę rozumu i jego powołanie do szukania prawdy, które przenikać powinno kulturę, także tę współczesną. I przeciwstawiał się „nowej dyktaturze: relatywizmu połączonego z panowaniem techniki”.
Przemawiając do agnostyków, Benedykt XVI nie próbował nikogo nawracać, ale też nie ukrywał swego głębokiego przekonania, że „rozum nie kończy się na tym, co widzi oko, lecz jest raczej przyciągany do tego, co leży poza nim, do tego, za czym głęboko tęsknimy…”. I pokazywał, iż Kościół –więcej: chrześcijaństwo! – jest sojusznikiem człowieka i jego obrońcą.
O tej roli chrześcijaństwa Papież mówił szczególnie mocno podczas spotkania ekumenicznego. Co więcej, ukazywał absolutnie uniwersalny sens zbawienia: „wyraża [ono] coś fundamentalnego, (…) dotyczącego ludzkiej tęsknoty za szczęściem i pełnią. Nawiązuje do żarliwego pragnienia pojednania i komunii, które spontanicznie wypływa z głębi ludzkiego ducha”. Z kolei przemawiając do katolików – na przykład w trakcie Mszy w Brnie (uczestniczyło w niej ok. 150 tys. wiernych), spotkania z młodzieżą w Starym Bolesławcu czy nieszporów w praskiej katedrze – Ojciec Święty wzywał ich do zaangażowania „na rzecz umacniania wartości duchowych i moralnych”, co można zrealizować jedynie poprzez pogłębienie relacji z Bogiem i świadectwo miłości. Kościół w Czechach, choć tak niewielki i zmarginalizowany, może nadal oddziaływać na otoczenie – zdawał się mówić Benedykt XVI. Podobnie czynił Kościół starożytny; pisał o nim Tertulian, „że poganie byli poruszeni miłością, która łączyła chrześcijan”. Nie na darmo hasłem tej pielgrzymki były słowa pełne nadziei, że „Miłość Chrystusa jest naszą siłą”.