Struktura zachodniego uniwersytetu tak w wersji europejskiej, jak amerykańskiej została ukształtowana przez walkę i pracę trwające stulecia. W Ameryce, która zaadaptowała gotowe rozwiązania kontynentalne, proces wykuwania uniwersytetu nowego typu trwał znacznie krócej, bo jakieś 150 lat.
Na kontynencie europejskim pierwszą widomą oznaką uniwersyteckiej samodzielności była emancypacja rozumu spod władzy kościelnej. Już w późnym średniowieczu zaprzestano używania słowa clericus wyłącznie w odniesieniu do duchownego i zaczęto stosować je do osób porządnie wykształconych. Słychać to jeszcze w języku angielskim (the clerk) i francuskim (le clerc), w którym słowo to oznacza intelektualistę. Niestety, w języku polskim nadal odnosi się ono do kleryka.
Kawiarniane dyskusje
Pierwsze niezależne uniwersytety budowały osoby wypchnięte – jak choćby Abelard – poza obręb instytucji kościelnych. „Wraz z uniwersytetem – twierdzi Jacob Taubes – wykształciła się nowa forma społeczna i nowy autorytet, który rozsadził strukturę średniowiecznego społeczeństwa” . Uniwersytet stanowił wspólnotę osób, które z upodobania do nauki stworzyły sobie własną ojczyznę – ojczyznę ducha. Z czasem, gdy myślenie zapomniało o sobie, gdy poczęło migać się od własnych zajęć i powinności, nastąpiło usztywnienie struktur uniwersyteckich. Było ono efektem absolutyzacji nowej metody badawczej, bliżej znanej jako scholastyka, którą można także nazwać szczególarstwem i dzieleniem włosa na czworo. Dość powiedzieć, że aż po reformę Humboldta (XVIII w.) na uniwersytetach nie prowadzono badań humanistycznych i przyrodniczych. Traktowano je jak szkoły zawodowe, z których wypuszczano adeptów gotowych służyć państwu: przyszłych urzędników, księży, nauczycieli, prawników.
Wkrótce pierwsze skrzypce jęła odgrywać inteligencja mieszczańska. W humanizmie renesansowym, potem w oświeceniu, debatowano, spierano się, tworzono najważniejsze idee poza uniwersytetem. Intelektualiści, pisarze, filozofowie uprawiali refleksję w salonie i kawiarni, nawet nie próbując łączyć jej z uniwersytetem. Kawiarnia dostarczała koniecznych fermentów, które w krótkim czasie zaowocować miały głębokimi zmianami o charakterze politycznym i intelektualnym. „Stała się salonem dla bezdomnych i ubogich pisarzy, a władza była zmuszona podejmować działania przeciwko dyskusjom kawiarnianym, podczas gdy dysputy uniwersyteckie zdecydowanie mniej ją obchodziły”. To, co tak świetnie prosperowało na obrzeżach oficjalnej polityki państwa francuskiego, a więc pewien szczególny rodzaj nieskrępowania i swobody ducha, skutecznie wyrugował Bonaparte. Zdystansowany od rozgadanych filozofów, postawił na inteligencję „techniczno-organizacyjną”, która miała zbudować nowoczesny aparat państwowy oparty na biurokracji. Tak było we Francji, najważniejszym kraju na kontynencie. Trochę inaczej rzecz przedstawiała się w Niemczech, gdzie w mowie rektorskiej z 1811 r. Fichte właściwie zrównał uniwersytet z „nowym Kościołem”.
