Historia nauki w rzeczywistości jest bowiem historią odkrywania porządku ukrytego w świecie przyrody – bez przyjęcia założenia o racjonalnym charakterze świata uprawianie jakiejkolwiek nauki w ogóle nie byłoby możliwe. Racjonalność świata przyrody ma również pewien wymiar religijny, ponieważ przypisanie przyrodzie tej własności (tzn. racjonalności) i jej uznanie nie jest ani oczywiste, ani natychmiastowe i może być traktowane jako swego rodzaju akt religijny, analogiczny do aktu wiary. I chociaż ostatecznego argumentu za tym, że przyroda nie jest chaosem, ale ma uporządkowaną, zrozumiałą i logiczną naturę, można poszukiwać zarówno wewnątrz tego świata (pozostając na płaszczyźnie naturalistycznej), jak i poza nim (odwołując się do Boga, który jest źródłem racjonalności), to i w pierwszym, i w drugim wypadku wybór odpowiedzi na pytanie o racjonalność świata pozostanie kwestią wiary, a nie naukowego dowodu. W tym sensie racjonalność świata jest zagadnieniem, które staje się wspólnym obszarem dyskusji trzech, pozornie niesprowadzalnych do siebie, dziedzin poznania: nauki, filozofii i teologii.
George V. Coyne i Michał Heller w książce Pojmowalny Wszechświat dowodzą, że Tajemnicę Racjonalności rzeczywiście można traktować jako miejsce, w którym przecinają się poznawcze płaszczyzny nauki, filozofii i wiary religijnej. Oczywiście, obrona takiej tezy nie jest rzeczą łatwą, ponieważ na straży ścisłego rozróżnienia płaszczyzn poznawczych stoi zasada naturalizmu metodologicznego, której przekroczenie grozi nie tylko metodologicznym anarchizmem, ale również natychmiast dyskredytuje nierespektującego tej zasady autora. Ponadto koligacenie argumentów naukowych i teologicznych prowadzi często do taniej apologetyki i cieszy się złą sławą traktowania Boga jako „wypełniacza” dziur w naszej wiedzy o świecie. Historia nauki pokazuje, że tego typu praktyka przynosi interpretacji teologicznej więcej szkody niż pożytku. Coyne i Heller są jednakże zbyt wytrawnymi filozofami, by nie znać podstawowych zasad metodologii. Ich argumenty idą po linii wykazania, że wiara religijna (lub szerzej – religia) nie sprowadza się nigdy do subiektywnych przeżyć i nie opiera się jedynie na irracjonalnych przesłankach, ale przeciwnie, jest obszarem głęboko pojętej racjonalności. I właśnie w tym miejscu – na polu racjonalności – religia i nauka dotykają tej samej rzeczywistości. Autorzy Pojmowalnego Wszechświata powołują się we wstępie do swojej książki na opinię Alberta Einsteina, który powyższą prawdę wyraził w następujący sposób:
Naukę natomiast mogą tworzyć tylko ludzie całkowicie przepojeni dążeniem do prawdy i poznania. Ta postawa uczuciowa wypływa jednakże ze sfery religijnej. Zalicza się do niej również ufność, że jest rzeczą możliwą, iż prawidłowości panujące w świecie tego, co istnieje, są rozumne, tzn. uchwytne dla rozumu. Nie potrafię sobie wyobrazić prawdziwego uczonego bez takiej głębokiej wiary. Ten stan rzeczy można wyrazić obrazowo w następujący sposób: nauka bez religii jest ułomna, religia bez nauki jest ślepa.
