Ilekroć stykałem się z twórczością Jerzego Kłoczowskiego, nie potrafiłem nigdy jednoznacznie odpowiedzieć na pytanie: kim – jako historyk właśnie – był ten wybitny uczony, nasz Autor, profesor KUL-u? Mediewistą czy badaczem wieków późniejszych? Historykiem Kościoła (albo szerzej: chrześcijaństwa), kultury polskiej czy raczej dziejów kontynentu (zwłaszcza Europy Środkowo-Wschodniej, a dokładniej: tej jej części, którą moglibyśmy nazwać słowiańską)? Jedna rzecz była pewna: Profesor nie miał w sobie nic z osób, które – jak mawiał o nich Tuwim – „widzą wszystko oddzielnie”. Przeciwnie. W tomie esejów Chrześcijaństwo i historia deklarował się jako zwolennik takiego uprawiania historii, które uwzględnia jak najszerszy jej kontekst i różne punkty widzenia. Pisząc np. o dziejach chrześcijaństwa, postrzegał je „w szerszych ramach historii społeczeństwa, historii kultury (…)”. I stanowczo przeciwstawiał się „traktowaniu historii Kościołów jako historii wyjętej z ram dziejów ogólnych, ciasno konfesyjnej, co zubożało niezmiernie i te dzieje ogólnie, i, rzecz jasna, dzieje chrześcijan (…), bynajmniej nie izolowane przecież od dziejów ludzi w ogólności”
Pierwszorzędnym zadaniem historyka było dlań „zrozumienie innych” (podkreśl. moje – J.P.). „To bardzo ważna postawa, która zmienia sposób widzenia: i samych siebie, i swojego narodu, i swojego Kościoła” – mówił. To dlatego, jak sądzę, zamiast kolejnego podręcznika historii Kościoła rzymskokatolickiego wolał pisać ekumeniczne Dzieje chrześcijaństwa polskiego. I upominał się o to, by w studiach poświęconych przeszłości Polski uwzględniać także punkt widzenia mniejszości etnicznych i religijnych (np. żydowskiej).
Jednak prof. Kłoczowski to nie tylko wielki badacz historii, ale i ważny jej uczestnik, co swego czasu dostrzegły władze RP, nadając mu Order Orła Białego „w uznaniu znamienitych zasług dla Rzeczypospolitej”. Warto pamiętać, że w czasie wojny był żołnierzem AK, powstańcem warszawskim (stracił wtedy prawą rękę). W 1956 r. należał do grona założycieli warszawskiego Klubu Inteligencji Katolickiej. W latach 80. działał w Solidarności (także w jej strukturach podziemnych); w 1989 r. stanął na czele Komitetu Obywatelskiego Lubelszczyzny, a w wolnej już Polsce zasiadał w Trybunale Stanu i Senacie. Przez dwie kadencje reprezentował Polskę w Radzie Wykonawczej UNESCO; był również – przez 21 lat! – przewodniczącym Polskiego Komitetu ds. UNESCO. Kierował m.in. krajowym Komitetem Pojednania i Dialogu oraz Komitetem Dialogu między Cywilizacjami.
W końcowej fazie życia, kiedy przed Polską pojawiła się realna perspektywa przystąpienia do Unii Europejskiej, jego pasją stała się idea integracji naszego kontynentu. Sporo na ten temat pisał (m.in. książki: Nasza tysiącletnia Europa oraz Europa. Chrześcijańskie korzenie), edukował, przekonywał sceptyków. Był członkiem założycielem Polskiej Rady Ruchu Europejskiego, a także twórcą i pierwszym dyrektorem związanego z MSZ-em Instytutu Europy Środkowo-Wschodniej. Jak mało kto w Polsce pojął – i próbował wcielać w życie – polityczne koncepcje Jerzego Giedroycia (wspieranie suwerenności Ukrainy, Litwy i Białorusi, dbałość o dobrosąsiedzkie stosunki z tymi państwami). Jego aktywność na tym polu doceniła zwłaszcza niepodległa Ukraina: w 2001 r. we Lwowie (w obecności Jana Pawła II) Jerzy Kłoczowski odebrał Nagrodę Pojednania Polsko-Ukraińskiego.